Karşı karşıya kaldığımız meselelere Müslümanca bakmak ve bu doğrultuda çözüm arayışı içinde olmak yeryüzündeki var oluş gayesinin şuurunda olan ve vakti kuşanan (ibnü’l-vakt ) her bir ilim yolcusu için bir gerekliliktir. Çalışmalarını bu doğrultuda sistematik ve istikrarlı bir biçimde yürüten İLEM’in yürütmüş olduğu Eğitim Programı, İstanbul’daki lisans öğrencilerinden; insanı, toplumu ve içinde yaşadığı dünyayı tanıyıp çözümleyebilme ihtiyacını hisseden ve bunun için gerekli donanımı ve bakış açısını talep eden herkese çalışmalarında bir duruş kazandırmayı amaçlamaktadır.

Eğitim Programı üç kademeden müteşekkil olup programın içeriği katılımcıların lisans/lisansüstü düzeyde ihtiyaç duyacakları temel becerileri kazandırmaya yöneliktir.  Program üç yıllık bir süreyi kapsamaktadır. Programın ilk yılında alanında uzman hocaların verdiği İslami ilimler ile beşeri ve sosyal bilimlerin farklı alanlarındaki seminerlerin yanı sıra, haftalık okumalar, grup çalışmaları, çeşitli eğitim destekleri, geziler ve kamplar yer almaktadır. Ayrıca Eğitim Programı,  öğrencilere lisansüstü eğitimlerinde ihtiyaç duyacakları metodoloji, araştırma, yazım ve sunum gibi temel becerileri kazanmalarına yönelik uygulamalı seminerleri de kapsamaktadır.

İLEM Eğitim Programı kademelerinde yıllık program, Güz ve Bahar dönemlerinde gerçekleştirilmektedir. Güz ve Bahar dönemleri onar hafta sürmektedir. Her dönem katılımcıların takip etmeleri gereken üç ayrı seminer vardır. Eğitim Programı kapsamında tüm katılımcılar, en az on altı farklı seminere katılmış ve program çerçevesinde pek çok temel eseri okumuş olmaktadır.

İLEM, on bir yıllık tecrübesiyle Eğitim Programı’nı farklı kılan ve çalışmalarındaki verimliliği artıran bir unsur olarak grup çalışmalarını önemsemektedir. Program, katılımcıların; okuma, çözümleme ve mukayeseli değerlendirmelerde bulunabilmelerini mümkün kılacak donanımlara haiz olmasını öncelikli hedefleri arasına koymaktadır. Programda merkezî konumda yer alan danışmanlık sistemi ise her bir katılımcının ilmî ve fikrî donanımı yanı sıra şahsî yönelim ve sorunlarına ilişkin rehberlik almasını mümkün kılmaktadır. Programda her öğrenci grubu (7–8 kişi) yıl boyunca çalışmalarını bir danışman nezaretinde sürdürmektedir.

İLEM Eğitim Programı’na katılmak isteyen lisans öğrencileri, öğrenci kabul tarihleri arasında yapmış olduğu başvuru ve mülakatlar neticesinde programa katılmaya hak kazanmaktadırlar.